Un élève de classe de sixième poursuit les héros, provoquant chez eux d'étranges troubles dès qu'il les touche. Pas de doute : c'est un spectre. Les héros partent sur Lyoko pour désactiver la tour qui a permis au spectre d'apparaitre. Mais, sur Lyoko, Aelita est dévirtualisée avant d'avoir atteint la tour. Gros problème, car, en théorie, elle seule peut désactiver une tour. Jérémy repère bientôt une seconde tour activée cachée par la première.
