XANA lance d'étranges attaques sans cohérence. Après analyse du superscann, Jérémy découvre que les tours de Lyoko s'activent et se désactivent rapidement sans savoir expliquer pourquoi. Le groupe décide d'explorer le Cortex pour comprendre la raison des bugs de XANA. De son côté, Laura a entendu parler de Franz Hopper et décide d'enquêter dessus. Elle est découverte par Aelita qui part l'espionner. Dans le noyau du Cortex, le groupe découvre de très nombreux monstres de XANA en train d'affronter des Ninjas tout aussi nombreux. Une fois le Noyau vidé de ces occupants, Jérémy envoie un message pour donner rendez-vous à Tyron, un ancien collaborateur de Franz Hopper. Le rendez-vous a lieu le lendemain sur le Cortex : Tyron ne connait pas XANA.
