Alex esce dalla TAC dov'era rimasta bloccata e vede J.D. per la prima volta. Lei non è affatto brutta come lui temeva e i due escono assieme a cena fuori. Il dottor Kelso ordina al dottor Cox di fare il giro visite con gli specializzandi al posto suo. A differenza di Kelso lui non rimprovera gli specializzandi quando non riescono a rispondere alle domande e confida loro che Kelso non può punirli se sono impreparati. Intanto Turk e Carla, dopo essersi confidati il loro amore, hanno un rapporto ma non riescono a concluderlo. J.D. ha un paziente con degli strani sintomi a cui non riesce associare nessuna malattia. Passa l'intera giornata a cercare sui libri e salta persino l'appuntamento con Alex per occuparsene, così lei lo lascia. Gli specializzandi invece ora non hanno più paura di Kelso, questo affida quindi i giri visite a Cox, che però fa in modo che le cose tornino presto alla normalità. Carla e Turk riescono poi a risolvere il loro problema, mentre J.D. riesce a riconquistare Alex.
