Pied Piper se concentre sur un groupe de négociation policière qui s'occupe de toutes sortes de cas comme les suicides, les prises d'otages, les attaques terroristes et même des déclenchements de guerre. Cependant, ces policiers ne traitent ces cas qu'avec des mots afin de neutraliser ces situations avant qu'elles ne dégénèrent. La négociation est un art à part entière, où chaque erreur peut être fatale. Le lieutenant Yeo Myung-Ha et le reste de la cellule négociation de la police de Séoul l’ont bien compris, car leur mission est de résoudre chaque crise à la force des mots. Assistés de Joo Sung-Chan, négociateur aux méthodes peu orthodoxes, ils vont tenter de ramener à la raison les pires forcenés et les âmes les plus instables. Mais lorsqu’ils découvrent que les meurtres auxquelles ils doivent faire face pourraient bien être orchestrées par un seul et même homme, le mystérieux « Joueur de flûte », leur mission prend une tout autre tournure …
