Trasferita sulla Pegasus, Scorpion ha continui problemi di attrito col nuovo comandante, l'ingegnere Garner. L'ammiraglio Adamo invia Apollo - promosso a maggiore - sulla stessa nave, che si trova nella situazione di dover soccorrere due velivoli scomparsi durante un'esercitazione. Apollo e l'ammiraglio hanno il dubbio che si tratti di una trappola, ma il comandante della Pegasus non intende frapporre il minimo indugio alla missione di soccorso, e disobbedendo agli ordini, si porta sulla zona senza le precauzioni prescritte. Frattanto Scorpion, entrata in forte conflitto con Lee, viene liberata dalla prigione dove era stata rinchiusa per insubordinazione ed inviata a comandare i Viper in assetto difensivo. I timori erano fondati e la Bestia (così è soprannominata la Pegasus) è sotto attacco di ben tre astrobasi cyloni che ne danneggiano gravemente i motori per il salto iper-luce. Solo l'estremo sacrificio del comandante Garner sceso nel vano motori a riparare manualmente il danno ed il sangue freddo di Apollo temporaneamente al comando, impediscono la distruzione dell'intera nave. Apollo viene nominato nuovo comandante della Pegasus mentre la campagna elettorale per la presidenza entra nel vivo con la candidatura ufficiale del vicepresidente Baltar che prende le distanze rispetto ad un controverso decreto sull'aborto da parte della presidente Roslin.
