A titkok könyvtára a vele megegyező című film folytatása; Flynn Carsen (Noah Wyle) könyvtáros utódjainak mágikus kalandjait és veszélyes küldetéseit mutatja be. A fantasy-akció története a világhírű Metropolitan Könyvtár alatt folytatódik, amely olyan tudósok és kalandorok több száz éves főhadiszállását rejti, akik veszélyes és mágikus ereklyéket gyűjtenek és juttatnak vissza a Könyvtárba. Egy ősi testvériség viszont a Könyvtár és a Könyvtárosok vesztét akarja, így háborút hirdet az emberiség ellen. Ezért Flynn és segítője Eve Baird (Rebecca Romijn) három új könyvtárost keres (Lindy Booth, Christian Kane, John Kim), akik segítségével megmenthetik a Földet. Veszélyek és komoly feladatok várnak hőseinkre, és sokszor úgy tűnik, nincs kiút. A sorozat tele van akcióval és rejtélyekkel, de a vidámság is helyet kap, így garantáltan az egész családot a tévé elé szegezi.