Unos misteriosos seres vivos conocidos como Aragami aparecen repentinamente en la Tierra y comienzan a devorar todo a su paso. Decidido a destruir a todos los Aragami, un joven llega a la Sección de Extremo Oriente de Fenrir. Su nombre, Lenka Utsugi. Recién inscrito, Lenka y su compañero recluta Kota Fujiki comienzan un duro entrenamiento como God Eaters bajo las órdenes de Tsubaki Amamiya. Deseando entrar en combate real, el deseo de Lenka se hará realidad cuando los Aragami se infiltren en la Sección de Extremo Oriente. Mientras sus nervios aumentan en la sala de estrategia, también lo hace su determinación.