‘Cuarto Milenio’ analiza el fenómeno ovni poniendo el foco en datos como la incidencia, frecuencia y tramo horario de los avistamientos y la tipología de formas de los objetos volantes no identificados. Por otra parte, el programa ahonda en la importancia para la Egiptología del descubrimiento de la tumba de Tutankamón en el Valle de los Reyes por el arqueólogo británico Howard Carter en 1922. Además, Iker Jiménez indaga en el cerebro de los psicópatas con la ayuda del doctor José Alonso Ruiz e investiga el ‘Proyecto Islero’, iniciativa del gobierno franquista para fabricar su propia bomba atómica.