Genetisch verbesserte Menschen - die Augments - stehlen einen klingonischen Bird of Prey und töten die Crew. Archer soll diese mit Hilfe von Dr. Soong, der die Augments erschaffen hatte und dafür im Gefängnis sitzt, verfolgen und stoppen. Jedoch verfolgt Soong eigene Pläne und bringt dadurch die Crew der Enterprise in Gefahr.