Die Japanischen Maritimen Selbstverteidigungsstreitkräfte feuern ein weiteres Artilleriefeuer und Raketen ab, als Flüchtlinge versuchen, auf behelfsmäßigen Flößen und Booten von der Insel Dejima zu fliehen. Um möglichst viele Flüchtlinge zu retten, befehlt Kusanagi den Tachikoma-Einheiten, jeden verfügbaren Platz im Netz zu sichern, um die Erinnerungen und Ghosts der Flüchtlinge speichern zu können. Unglücklicherweise ignorieren die Tachikoma-Einheiten dies und nehmen die Dinge selbst in die Hand.