Anne Werner Thomsen var datter af en viceskoleinspektør og voksede op i Charlottenlund, hvor hun gik i Ordrup Skole. Hun arbejdede på et sagførerkontor og siden som fotomannequin inden hun begyndte at læse hos Blanche Funch og blev uddannet på Privatteatrenes Elevskole 1957-1959. Som ganske ung fik Anne Werner Thomsen det store filmiske gennembrud i den dengang dristige filmatisering af "Ung leg" - en rolle hun valgtes til af Johannes Allen. De følgende år optrådte hun free lance på de københavnske teatre bl.a. i 1959 på ABC Teatret og på Folketeatret, Gladsaxe Teater og Skolescenen. I en enkelt sæson - 1967-68 - var hun fast knyttet til Aalborg Teater, men da opgaverne blev færre, sagde hun som 37-årig farvel til karrieren og uddannede sig i stedet til socialrådgiver og arbejdede først på Kofoeds Skole og senere på forskellige dagcentre i Københavns omegn. Hun beskæftigede sig med psykisk handicappede og var i en periode leder af et dagcenter. Kun i to tilfælde vendte hun tilbage til scenen. I 1980 spillede hun skuespillerinden i Betty Nansen Teatrets opførelse af det engelske skuespil "Elefantmanden", og ni år senere spillede hun i Jørgen Blaksted Turneen's udgave af "I kærlighedens navn". Anne Werner Thomsen havde ofte roller som den barske, og fandenivoldske pige. Hun fik ikke de store roller, men huskes sikkert i rollen som den lidt underkuede veninde til Regitze i "Dansen med Regitze". Sin sidste filmrolle havde hun i gyseren "Farligt venskab", hvor hun spillede Per Wahlins (Ulf Pilgaard) neurotiske kone. Anne Werner Thomsen blev den 19. juli 1954 gift med forfatter og forlagsdirektør Ole Werner Thomsen (16-02-1930 - 06-08-2005)