柯南、小五郎、安室、“伊吕波寿司”的师傅胁田来到了废教堂，遭遇了公司职员和田以及银行职员川崎被杀害的事件。柯南一行人围绕着四张片假名暗号纸作为解决这一案件的关键，却怎么也找不到解读的线索。此时，正在清除隧道积雪的长野县大和警部打来了电话。听到“再过三个小时左右就去接你”这句话，不顾松了一口气的大家，西野说“在可能有犯人的地方等不了三个小时！”，小五郎对来了这里之后的抽签感到蹊跷，西野对小五郎的话感到很气愤，将自己关在了书房里。 虽然只叫五个同学就好了，但特地指定了四个人的人数。被叫来的柯南等人，开始思考“九”究竟有什么含义。据此，抽签的意义、留下来的暗号的解读方法，以及犯人都被确定了。 就在此时，藤出在书房外面说服西野，西野联系他说：“因为知道了犯人，所以请你一个人通过阁楼来书房。”藤出到达书房后，西野开始了“好像被藤出强行灌下了毒药”的演技。柯南等人也从阁楼里到达那里，开始揭穿至今为止在抽签上使用的骗术。
