被黑衣组织灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一（小栗旬饰演），以江户川柯南为化名隐藏身份，一直在调查黑衣组织的情报。知道他真正身份的只有阿笠博士（田山凉成饰演）以及同班同学灰原哀。灰原哀实际上曾是黑衣组织的一员——宫野志保（香椎由宇饰演），是将新一变小的毒药的开发者。但由于姐姐被杀，而想从组织脱离的她自己也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份，而继续秘密进行着解毒药的研究。铃木集团的新饭店落成，作为落成发布仪式在这里举行“日本小姐（Miss Japanesque）选拔庆祝宴会”并进行现场直播。受朋友园子——铃木集团大小姐——之邀，柯南，新一的同班同学侦探毛利小五郎（阵内孝则饰演）的女儿——兰，阿笠博士，哀都作为客人出席了宴会。宴会当中，当选日本小姐的寿嘉莲（寿かれん）小姐受到了恐吓信。
