Podczas walki z Zeruelem Shinji osiągnął 400% synchronizacji z Evą co skończyło się 'wchłonięciem' go przez Jednostkę 01; jego ciało zmieniło się w płyn LCL pozostając wraz z jego duszą wewnątrz kapsuły wprowadzającej przez ponad 30 dni, podczas których Ritsuko robi co może by przywrócić go spowrotem do ludzkiego ciała.
