Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd en William keren terug naar hun dagelijkse leven als studenten van Kadic College. Maar XANA, het multi-agentprogramma dat hun doodsvijand was geworden en dat ze in hun vorige avonturen hadden weten te vernietigen, verschijnt opnieuw. De Lyoko Warriors activeren de supercomputer opnieuw om terug te keren naar Lyoko, ontdekken de redenen voor deze terugkeer en maken er een einde aan voordat de aarde opnieuw wordt bedreigd.
