Het vijfde seizoen speelt zich 18 maanden na seizoen vier af. Voormalig Counter Terrorist Unit-agent Jack Bauer begint het seizoen en werkt als dagelijkse arbeider bij een olieraffinaderij onder de alias "Frank Flynn" in Mojave, Californië. Op een monumentale dag tijdens het presidentschap van Charles Logan staat een antiterrorismeverdrag met de Russische president Yuri Suvarov op het punt ondertekend te worden, wanneer de gebeurtenissen een tragische wending nemen.
