마법 세계와 비마법 세계의 공존을 깨려고 했던 강력한 어둠의 마법사 겔러트 그린델왈드는 뉴트 스캐맨더와 미국 마법부 의회에 의해 붙잡혔지만, 유럽으로 이송하는 과정에서 탈출하고 만다. 그린델왈드의 탈출 목적은 프랑스 파리에 머무는 것으로 추정되는 크레덴스를 포섭해 자신의 수하로 삼는 것. 영국으로 돌아왔던 뉴트는 덤블도어 교수로부터 자신은 나설 수 없으니 그린델왈드에 맞서달라는 지령을 받고 역시 파리로 향한다. 뉴트의 친구들, 제이콥과 퀴니, 그리고 오러로 복귀한 티나도 순혈 마법사의 세력을 모아 마법을 사용하지 않는 사람들을 지배하려는 그린델왈드의 야욕을 막기 위해 파리로 향하는데...