La Yamato ed il suo equipaggio devono affrontare l'assalto dell'Impero Comet, una civiltà proveniente dalla galassia Andromeda che sta tentando di conquistare la Terra, guidata da Zwordar il Grande. la flotta terrestre è invece aiutata da una donna fatta di antimateria, Teresa di Telezart, mentre l'impero Comet ha fatto rinascere il più grande nemico della razza umana, il leader dei Gamilas, Desslar, in cerca di vendetta. Dopo una sanguinosa battaglia che vede ingenti perdite sia sul fronte terrestre che sul fronte Comet, sarà l'estremo sacrificio di Susumu Kodai a sconfiggere definitivamente Zwordar ed a salvare la razza umana.
