Un attacco di Pikachu non andata a segno scaglia Ash e amici in mare aperto lontani dalla costa. Il sollievo di essere stati tratti in salvo da un enorme sottomarino viene subito spazzato via quando i nostri eroi scoprono che il mezzo appartiene al Team Magma. A bordo, Ash e amici vengono a sapere che sia il Team Magma che il Team Idro mirano a catturare Groudon e Kyogre per attuare il loro piano di conquista del mondo. Fondamentali sono due misteriosi gioielli con i quali è possibile controllare questi antichi Pokémon.
