Ash, Misty e Brock, giunti presso un Centro Pokémon, vengono a conoscenza di un problema nel sistema di trasferimento dei Pokémon. Nell'edificio è presente il Professor Akihabara che spiega ai ragazzi che il Team Rocket ha rapito un prototipo di Porygon, un Pokémon in grado di vivere nel cyberspazio, allo scopo di rubare le Poké Ball degli Allenatori.