Lex e Clark sono entrambi perduti, ognuno rimasto da solo a fronteggiare i propri demoni; Lex su un'isola deserta, Clark nell'oblio della kryptonite rossa per dimenticare il dolore che ha causato ai suoi genitori. Ma mentre Lionel sta organizzando il funerale di suo figlio, Jonathan non ha nessuan intenzione di arrendersi con il suo e stringe un patto con Jor-El per poter riportare Clark a casa sano e salvo. Anche Lex alla fine torna a Smallville, ma il suo è un ritorno amaro, dovendo scoprire chi tra suo padre e sua moglie ha cercato di eliminarlo. Lana viene ricoverata in ospedale in seguito a un incidente nelle scuderie e mentre è in riabilitazione fa conoscenza di Adam, un ragazzo strano che però stuzzica il suo interesse. Lana decide di approfondire la conoscenza e una volta fuori dall'ospedale offre ad Adam l'appartamentino sopra il caffé. Purtroppo il ragazzo nasconde un passato torbido e Lana si rivolge a Lex chiedendogli di indagare su di lui. Lex nel frattempo ha un crollo psicotico e prima che venga ricoverato, è testimone dei poteri di Clark. Disgraziatamente Lionel fa eseguire una procedura sperimentale su Lex e gli fa cancellare la memoria, per far si che dimentichi le informazioni ottenute sul suo passato. Lex cerca in tutti i modi di recuperare la memoria e di consegnare suo padre all'FBI. Jonathan comincia a risentire delle conseguenze del patto con Jor-El, Pete si trasferisce in un'altra città, lasciando Clark di nuovo da solo col suo segreto. Finalmente Clark decide di rivelare tutto a Lana, ma ovviamente le cose non vanno per il verso giusto. In ultimo, da Krypton, arriva Kara, una splendida ragazza con i superpoteri, che cerca di convincere Clark ad abbracciare il suo destino.