Leonard decide di trasferirsi da Penny per iniziare così a vivere insieme, suscitando in Sheldon una forte sindrome da abbandono, tanto da eliminare tutto quello che è stato portato nell'appartamento dopo il 2003, anno del trasferimento di Leonard. Dopo dei tentativi mal riusciti di cercare un nuovo coinquilino, alla fine, su invito della ragazza, Leonard torna nella vecchia stanza, decidendo di dormire solo ogni tanto a casa di Penny. Nel frattempo Stuart vorrebbe tenere un evento musicale nel negozio di fumetti per attirare più clienti e Raj ed Howard si offrono di cantare un genere folk ma con argomenti che si rifanno alle loro passioni e scrivono quindi una canzone su una lotta tra Thor e Indiana Jones.