Dans un univers où théologie, magie et science sont entremêlées, Lyra Belacqua, qui a grandi au Jordan Collège, à Oxford, rêve de suivre son oncle, Lord Asriel, dans les Royaumes du Nord. Considéré comme un hérétique par les membres du Magistérium, celui-ci a fait d'étonnantes découvertes lors de sa dernière exploration dans le cercle polaire. Dans le même temps, des enfants disparaissent mystérieusement ici et là...
