Tenu emprisonné par d’immenses clôtures dans Wayward Pines, Ethan retrouve les plans d’évasion de son défunt collègue Bill et organise avec Beverly sa fuite à l’abri des micros et caméras dont regorge la ville. Il tente par tous les moyens de renouer contact avec Kate, son ancienne collègue avec qui il a eu une aventure, pour comprendre ce qui lui arrive. En attendant, sa femme Theresa et son fils Ben décident de partir à sa recherche.