Dans le village fictif de Kasumi Kogen (littéralement « le village de la brume »), le Shinobi Gakuen est une académie spécialisée dans la formation des kunoichi, ou femmes ninja, qui regroupe les meilleures élèves venant de tout le Japon. Nouvelle dans l'école, la jeune Hinata Himawari a juré fidélité et protection à celui qu'elle considère comme son mentor, Marikouji Hayato, et à qui un passé mystérieux la lie peut-être.