Als ein Brand in einen Lagerhaus in Baltimore verschollene NCIS-Dokumente ans Tageslicht bringt, die eine potenzielle Gefahr darstellen, schließt sich das NCIS-Team den Ermittlungen der örtlichen Polizei an. Dabei muss Tony (Michael Weatherly) mit einem Ermittler zusammenarbeiten, mit dem er eine schwierige Vergangenheit teilt.